W państwie zakonu krzyżackiego nie wszystkie zamki budowali przede wszystkim Krzyżacy. Jednak oprócz zamków krzyżackich istniały również zamki budowane przez biskupów i kapituły. Wynikało to ze struktury państwa zakonnego, narzuconej przez papieża, który na nowych ziemiach utworzył cztery diecezje. Zgoda na utworzenie państwa zakonnego była uwarunkowana wydzieleniem trzeciej części zdobytych ziem na rzecz biskupstw, a biskupi wydzielali trzecią część swoich ziem na utrzymanie kapituły. Ziemie biskupów i kapituł podlegały tylko władzy wojskowej Krzyżaków, ale władza cywilna należała już do duchownych. Zarówno biskupi, jak i kapituły budowały zamki.
Zamki biskupie i kapitulne były bardzo podobne w zewnętrznej formie do zamków krzyżackich. Jedynie układ wnętrz był inny, ponieważ wynikał z przeznaczenia i potrzeb mieszkańców tych warowni. Jednym z ciekawszych przykładów jest zamek kapituły warmińskiej w Olsztynie. W latach trzydziestych XIV wieku na wzgórzu powstała drewniani-ziemna strażnica. W połowie XIV wieku kapituła zbudowała w tym miejscu zamek, na początku jeden budynek mieszkalny i dziedziniec okolony murami i fosą. W XV wieku zbudowano drugie skrzydło, w XVI wieku przebudowano i podwyższono wieżę oraz mury podniesiono do 12 metrów. Zamek otoczono drugim murem z basztami i połączono z miastem w jeden zespół obronny. Biskupi i kapituła warmińska byli dość niezależnie od Krzyżaków, po wojnie trzynastoletniej zostali przyłączenie do Korony. Ostatni raz Krzyżacy zagrozili zamkowi w 1521 roku. W XVIII wieku doprowadzono dojazd od strony miasta, zbudowano wygodniejsze skrzydło pałacowe, rozebrano część murów. Ponowne przebudowy zamku kapituły warmińskiej w Olsztynie miały miejsce w XIX i XX wieku.
Zamek w Kwidzynie to kolejny zamek kapitulny, tym razem należący do kapituły pomezańskiej. Budowę zamku w Kwidzynie rozpoczęto w I połowie XIV wieku, a sama budowa trwała kilkadziesiąt lat. Prace nad zamkiem były ukończone w dużym stopniu ok. połowy XIV wieku, ale słynne ogromne gdanisko zbudowano dopiero w latach osiemdziesiątych. Pod koniec XIV wieku do zamku dobudowano katedrę, a jedną z wież przebudowano na dzwonnicę. W ten sposób powstał jeden kompleks zamkowo-katedralny z przedzamczem od strony północnej, oddzielonym fosą. Pod koniec XV wieku zamek został poważnie uszkodzony w wojnie z Polską, ponownie zaś uszczerbku doznał w 1520 roku. Wtedy też zniszczony został przez wojska polskie zamek biskupi znajdujący się nieopodal. Dalsze losy to przejęcie zamku w 1551 roku na rzecz państwa pruskiego. W XVIII wieku kolejno magazyny żywności dla garnizonu, spotem sąd, więzienie, a pod koniec XVIII wieku rozpoczęto rozbiórkę zamku, która została wstrzymana w połowie XIX wieku.